南京大学地球环境计算工程研究所成立于1998年3月15日，由南京大学和日本有关部门共同发起成立。第一任所长为日本茨城大学和中国东南大学教授吴智深博士。研究所致力于人类工程活动与地球环境保护可持续协调发展的理论、技术和方法。主要研究方向包括环境工程地质学，环境岩土工程，各类基础工程质量检测和健康诊断，地质与岩土工程灾害的监测与预警技术，地质工程、岩土工程、交通工程、水利工程和地下工程等方面的数值模拟和计算方法，土质改性，图像处理与系统开发，GIS、GPS、RS应用等。研究所成员由南京大学地球科学与工程学院，城市与资源系，计算机科学系，环境科学系，数学系，生物系和大气科学系等7个系的20余位中青年骨干和50余位研究生组成。国际上有十余所大学、研究机构和公司参与合作。..
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